植物檢疫是植物保護(hù)的一個重要部分。但植物檢疫所具有的特點卻不同于植物保護(hù)通常采用的化學(xué)防治、物理防治、生物防治和農(nóng)業(yè)防治等措施。主要區(qū)別有以下三個方面：
第一，植物檢疫的對象與一般防治的對象不同。植物檢疫針對的有害生物一般都是國家有關(guān)法律、法規(guī)規(guī)定的，以及幾個國家雙邊或多邊植物檢疫協(xié)定規(guī)定的危險性特別大的一些害蟲、病原物或草害，往往是國內(nèi)未發(fā)生或分布未廣的、且一旦傳入可能引起重大經(jīng)濟(jì)損失的有害生物。這就決定了可能傳帶這些危險性有害生物法定應(yīng)檢物在某一特定區(qū)域（國家、地區(qū)）流通時都需接受植物檢疫，只有經(jīng)植物檢疫合格或檢疫處理合格后，這些應(yīng)檢物方可進(jìn)入該地區(qū)。
第二，兩者所采取的處理要求不同。經(jīng)檢驗發(fā)現(xiàn)有害生物后要采取化學(xué)的或物理的方法來處理受感染或受害的應(yīng)檢物，從這點來說植物保護(hù)和植物檢疫有一定的共性，但兩者的最終要求卻不同。植物檢疫所要求的是應(yīng)檢物經(jīng)檢疫處理后不再帶有限定的有害生物，或達(dá)到經(jīng)過風(fēng)險分析后的允許指標(biāo)，即檢疫處理的效果要求徹底殺滅有害生物或即使帶有也不能造成為害；而植物保護(hù)中所言的化學(xué)防治、物理防治等的防治效果往往只要求將有害生物的為害程度控制在經(jīng)濟(jì)允許的閾值或防治指標(biāo)以內(nèi)。
第三，植物檢疫的研究內(nèi)容與工作方法不同。植物檢疫所針對的有害生物一般都是本國、本地區(qū)未發(fā)生或分布未廣的危險性有害生物。因此，植物檢疫的重點是及時掌握國內(nèi)外危險性有害生物的分布、發(fā)生、為害情況等信息，對這些危險性有害生物作風(fēng)險分析，并在此基礎(chǔ)上做出檢疫決策，有針對性地研究這些有害生物的檢測技術(shù)與鑒定標(biāo)準(zhǔn)、處理方法等。工作中，植物檢疫是以法律、法規(guī)為依據(jù)，依靠各相關(guān)部門（海關(guān)、外貿(mào)單位、郵電、交通運輸?shù)炔块T）的緊密合作來防止有害生物傳入或傳出。而植物保護(hù)所研究的是針對本區(qū)域內(nèi)發(fā)生的各種重要病、蟲、草鼠害，包括它們的發(fā)生、流行與防治，在此基礎(chǔ)上制訂某一地區(qū)某一作物上特定有害生物的綜合防治計劃。
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