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香菇良種來源的主要途徑有自然選育、誘變選育、雜交選育、細(xì)胞融合選育等途徑。

自然選育也稱評(píng)選淘汰法。參與評(píng)選的菌株可以是引進(jìn)菌株，也可以是組織分離、菌絲分離得到的菌株；它們?cè)谙嗤幕|(zhì)和環(huán)境條件下進(jìn)行全程栽培試驗(yàn)達(dá)到菌株選優(yōu)劣汰的目的。它仍然是目前民間廣泛采用的一條香菇良種來源的重要途徑。

誘變育種是使用物理方法或化學(xué)誘變劑使香菇菌株產(chǎn)生基因變異，達(dá)到選育優(yōu)良變異的新菌株的目的。此法工作量大、盲目性也大，選育成效有限。

雜交育種是細(xì)胞水平上的工作。香菇的雜交育種最常應(yīng)用的是單孢雜交，即通過篩選一個(gè)或幾個(gè)可親和的親本單孢進(jìn)行組合，使其產(chǎn)生部分染色體交換或重組而獲得新菌株，這種雜交也稱對(duì)稱雜交；還可以是非對(duì)稱雜交，即雙核菌絲與單核菌絲端距組合雜交。雜交是培育香菇新菌株最有效的育種方法。

細(xì)胞融合常在種間或?qū)匍g雜交時(shí)采用，目前已有融合成功的范例，如香味蘑是香菇與阿魏蘑的細(xì)胞融合的產(chǎn)物。